Üksikute lahtrite võrgu võrdlus (sekveneerimisandmete põhjal)

Peter

2018-05-29 18:50:53 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Milliseid meetodeid saab kasutada võrkude (PPI, geeniregulatsioon jne) võrdlemiseks, mis on loodud ühe raku geeniekspressiooni (või proteoomika) andmetest?

On meetodeid, mis konstrueerivad võrke kahe tingimuse (nt (geeni) koosekspressioonist või geenide diferentsiaalkorrelatsioonist (DGCA, diferentsiaalse geenikorrelatsiooni analüüs)) ja järeldada nendel võrkudel põhinevaid omadusi.

Mind huvitab siin võrkude võrdlus iga üksik lahter. Võrgustikke saab ehitada ainult andmetest või andmebaasi abil teadaolevaid koostoimeid (servi) kasutades. Neid võrdlusi võiks kasutada lahtrite mõistmiseks või klassifitseerimiseks.

See nõuab tõenäoliselt võrguehitusmeetodit (mis võib olla keeruline, kuna meil pole üksikute lahtrite jaoks kordusi), mingisugust võrgu sarnasuse mõõdikut / võrku joondusmeetod. See on üldiselt väga raske ülesanne, kuid siin on meil iga lahtri (võrgu) vahelise sõlme vahel üks-üks vastavus, mis peaks aitama.

Sarnased arutelud saidil

Biostars: küsimus: kuidas joondada või võrrelda kahte võrku sisuliselt?
Researchgate: Kuidas ma saan mõõta kahe võrgu sarnasust?

Üks seotud üksikrakkude artikkel on Chan et al., 2017, mis kasutab rühmi lahtritest (mis on loodud muude meetodite abil, nt klastrite abil) võrkude ehitamiseks ja neid käsitsi võrreldakse (ühised servad / Venni diagramm).

Kas saaksite selgitada, kas soovite tööriista / meetodeid nende võrkude loomiseks iga üksiku lahtri jaoks või tööriista / meetodeid lahtrite võrdlemiseks vastavalt teie olemasolevale võrgule (st eeldades, et teil on juba iga lahtri jaoks võrk)? kui küsida mõlema kohta, võib see olla liiga lai ja et iga küsimus peaks oma vastuste saamiseks olema omaette.

Noh, mind huvitavad mõlemad. Kuna näib, et selliseid meetodeid pole veel olemas, arvan, et võime jätta küsimuse sellisena nagu on ja teha uus, millal ja kas sellele vastatakse - ning vajame täiendavaid arutelusid.

Kas saaksite täpsustada, millist tüüpi võrdlust mõtlete. Kas teid huvitavad ainult ühised / erinevad servad? Või proovite võrrelda ka võrgu topoloogiat, lühima tee analüüse, tsentraalsust, võrgu jaotamist (milline meetod?) Jne jne. Võrkude jaoks saate arvutada _mitu_ mõõdikut. Kui soovite lihtsalt leida jagatud servad, on see triviaalne, eeldades, et teil on võrgud. Kas see on tõesti kõik, mida vajate?

Ma ei saa sellele vastata: usun, et see, mida te küsite, on minu küsimuse põhiolemus; st millised mõõdikud on saadaval ja milliseid neist "võrdlustest saaks rakkude mõistmiseks või klassifitseerimiseks kasutada".