Küsimus:
Miks ei tunnusta Biopython AlignIO.read () vormi 'lillakas'?
charlesdarwin
2018-01-04 17:40:13 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Selles Biopythoni õpetuses kirjeldatakse, kuidas importida mitmekordse järjestuse joondust lillakas värvitoonis (XMFA: laiendatav mitme fasta vorming). Nii et impordisin mooduli AlignIO:

  kaustast Bio import AlignIOalignment = AlignIO.read (open ("alignment.xmfa"), "lilla")  

kuid kuvatakse järgmine tõrge:

  ValueErrorTraceback (viimane kõne viimati) <ipython-input-30-396e54791d7a> in <module> () ---- >.1 (joondamine = /Users/cr517/Documents/alignment.xmfa"),"mauve")/Users/cr517/anaconda/lib/python3.6/site-packages/Bio/AlignIO/__init__.pyin loe (käepide, formaat, seq_count, tähestik ) 422 iteraator = sõelumine (käepide, vorming, seq_count, tähestik) 423 proovige: - > 424 esimene = järgmine (iteraator) 425, välja arvatud StopIteration: 426 esimene = puudub / Kasutajad / cr517 / anaconda / lib / python3.6 / site- paketid / Bio / AlignIO / __ init __. pyini sõelumine (käepide, vorming, seq_count, tähestik) 366 seq_count = seq_count) 367 muu: - > 368 tõsta ValueError ("tundmatu format '% s' "% format) 369 370 # See tekitab mõningaid üldkulusid ... oodake, kuni laseme selle parandamiseks Pythoni 2.4. ValueError: Tundmatu formaat 'lillakas  
üks vastus:
Devon Ryan
2018-01-04 17:53:58 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kasutate versiooni 1.68 või vanemat. Lillakas tugi lisati versioonile 1.70.



See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...