Mis on ravimite nimetuste hea ontoloogia?

Algy Taylor

2017-11-17 17:36:10 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Mul on ...

patsiendi fenotüüpidega andmebaas, mis on salvestatud HPO terminitena
geneetilised andmed mis tahes vormingus, mida mul vaja on

Ma tahan ...

Salvestada raviminimesid viisil, mis mu elu raskeks ei tee
Kui see on teostatav, siis muutke need nii, et võiksite luua seoseid HPO terminite, ravimite, geneetiliste muutuste ja tulemuste vahel. Pange tähele, et ma ei püüa seda aktiivselt teha, kuid ma ei soovi selle võimalust tulevikus välistada

Ideaalis tahaksin nagu need raviminimed mingisuguses ontoloogias ja veelgi parem ontoloogia, mis on saadaval aadressil http://bioportal.bioontology.org

Niisiis - mis on parim narkootikumide ontoloogia mida sellisel juhul kasutada?

Uuenda

Milliseid seoseid see ravimi ontoloogia kirjeldaks? Ühendite struktuurne sarnasus? Mõjutatud teed? Kuidas need oleksid omavahel seotud? Kas soovite näiteks linkida kõik ravimid, mis võivad põhjustada sama kõrvaltoime? Või kõik ravimid, mida saab kasutada sama haiguse korral? Kõige kasulikum oleks ravimid haiguste järgi. Kõige kasulikum teave oleks umbes selline:

Atenolool
- Atenolool 25mg
- Atenolool 50mg
- 100 mg atenolool
propanolool
- 10 mg propanolool
- 40 mg propanolool
- 80 mg propanolool
- ...

Lühidalt öeldes on võimalus saada antud ravimi annuste loetelu. See oleks eriti kasulik, kui saaksin hankida ka teatud seisundi ravimikomplekti, nii et ülaltoodud näites tooge välja beetablokaatorite loend (Atenolol, Metoprolol, Nebivolol, ...)

Kas olete uurinud mõnda erinevatest ontoloogiatest, mis on loetletud aadressil bioportal.bioontology.org? Millised olete visanud, nii et me ei soovita samu? Mis neil vajaka jäi?

MDDB ei tundu olevat ülaltoodud ülesehitusega
Samamoodi ka narkootikumide ontoloogia
RxNorm näib olevat parim saadaolev, mida olen näinud

Milliseid suhteid see ravimi ontoloogia kirjeldaks? Ühendite struktuurne sarnasus? Mõjutatud teed? Kuidas need oleksid omavahel seotud? Kas soovite näiteks linkida kõik ravimid, mis võivad põhjustada sama kõrvaltoime? Või kõik ravimid, mida saab kasutada sama haiguse korral? Kas olete vaadanud mõnda erinevatest ontoloogiatest, mis on loetletud veebisaidil http://bioportal.bioontology.org? Millised olete visanud, nii et me ei soovita samu? Mis neil puudus, mida te vajate?

@terdon - lisas küsimusele veel lisateavet, loodetavasti see vastab teie küsimustele. Vabandame mõningate minu vastuste vähese ebamäärasuse pärast, põhjus on puhtalt selles, et ma ei tea - minu jaoks on see * peaaegu * lihtsalt populaarsusvõistlus, milline on minu jaoks parim!

Asi on selles, et me ei tee Stack Exchange'i võrgus tegelikult nii laialdasi küsimusi. Neil on isegi konkreetne lähedane põhjus ("liiga lai"), nii et see pole õige koht, kus küsida plusse ja miinuseid üldist arutelu. Võimalik, et saame teid aidata * konkreetse * juhtumi korral, kuid mitte selle üle, mis on "parim", mis on vaid eelistuse küsimus ja sõltub sellest, mida soovite teha. Mis on teie jaoks parim, ei pruugi minu jaoks parim olla. Nii et palun tehke see võimalikult konkreetseks.

@terdon - muutis sõnastust, kas see on parem? :)