Kui teie küsimus on järgmine: kas erinevate platvormide sondide ID-sid saab üksteisega kaardistada sarnaselt sondide ja geenide kaardistamisele, siis on vastus: Jah. BioMart võimaldab teil kaardistada peaaegu kõik, millel on ID, kõigega, millel on ID.

BioMarti saate kasutada kas veebiliidese kaudu või programmeeritult. Lühike juhend veebiliidese kasutamiseks HG U133 Plus 2 kaardistamiseks HuGene 1.0-ga:

1. minge avalehele
2. valige H . sapiens Ensembli geenid teie andmebaasi jaoks; Inimgeenid (GRCh38.p10) teie andmekogumi jaoks
3. Klõpsake vasakpoolses veerus valikut Filtrid
4. Laiendage "REGION", kerige alla GENE-ni ja valige "Input microarray probes / probesets ID loend [soovitatav maksimaalselt 500] "
5. Valige AFFY HG U133 PLUS 2 sondi ID (d) ja kas kopeerige / kleepige või laadige üles loend, üks rea kohta
6. Klõpsake vasakul atribuudid -käsi veerg
7. Kerige läbi, tühjendage märkeruut, mida te ei soovi näha, ja valige, mida teete, näiteks Gene Stable ID, AFFY HuGene 1 0 v vond ja AFFY HG U133 Plus 2 sond
8. Lõpuks klõpsake vasaku veeru ülaosas asuvas menüüs valikut "Tulemused"

Ja peaksite nägema sellist tulemust ( pean klõpsama nuppu „Tulemused“).

Te ei tohiks eeldada, et tegemist on üks-ühele kaardistamisega, kahel põhjusel:

• Geenid on igale transkriptsioonile kaardistatakse mitu transkripti ja sonde
• Mõnel transkriptsioonil on rohkem kui üks sondikomplekt: sellisel juhul kaardistatakse HuGene ID 8002301 ja 8002303 transkriptsioonidega see geen

Lõpuks: siin on programmiline näide, mis kasutab R / BioMart:

  teek (biomaRt) mart.hs <- useMart ("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl") tulemused <- getBM (atribuudid = c ("ensembl_gene_id", "affy_hugene_1_0_st_v1", "affy_hg_u133_plus_2"), filtrid = "210__gg_u_53" .hs) tulemused ensembl_gene_id affy_hugene_1_0_st_v1 affy_hg_u133_plus_2
1 ENSG00000181019 8002301 210519_s_at2 ENSG00000181019 8002303 210519_s_at  

BiomaRt asemel on võimalik kasutada ka Bioconductorisse sisseehitatud kaardistusandmebaase ja kaardistada sondid geenidena ning seejärel geenidelt sondidelt. Mõni R-kood hgu133 ja hgu95 vahel teisendamiseks, kasutades teises sondi ID-d:

  library (hgu133plus2.db) library (hgu95av2.db) query_probe <- "210519_s_at" hgu133_ensembl <- select (hgu133plus2.db, võtmed = päringu_probe, veerud = "ENSEMBL") ensembl_hgu95 < - vali (hgu95av2.db, võtmed = hgu133_ensembl $ ENSEMBL, keytype = "ENSEMBL", veerud = "PROBEID") dplyr :: internal_join , autor = "ENSEMBL", järelliide = c (". 133", ".95"))  

Teised vastused selgitavad, miks sondide vahel ei pruugi olla üks ühele kaardistamine.

AbsID andmebaas teisendab sondijärjestuste kaardistamise põhjal genoomi järku ja seejärel määrab kaardistused genoomi kattuvate koordinaatide põhjal. See on tõesti kasulik, kui soovite olla kindel, et kaks sondi mõõdavad sama transkripti tegelikult tõenäoliselt .

See sõltub siiski mõlemast sondist, mis joondub genoomiga.

Kohustustest loobumine: töötasin grupis, mis pakub AbsID-kaardistamise tööriista.