Mulle meeldib rohkem kasutada "ts / tv" ülemineku ja teisenduse suhteks. Seda lühendit on kasutatud fülogeneetikas. Kui NGS tuli, hakkasid mõned olulised arendajad kasutama teksti "ti / tv", kuid ma olen ikka veel vana konventsiooniga harjunud.

Miks on Ti / Tv juhuslike asenduste eeldatav väärtus suhe 0,5?

Põhimuudatusi on kuut tüüpi. Neist kaks on üleminekud: A<->G ja C<->T ja ülejäänud neli tüüpi on transverssioonid. Kui kõik oleks juhuslik, võiksite eeldada, et näete kaks korda rohkem teisendeid - ts: tv = 2: 4 = 0,5.

Kui WGS-i puhul on suhe eeldatavasti 2,10

Eeldatav suhe pole "2,10 WGS-i jaoks". Inimese jaoks on kogu genoom 2–2.10. Seda numbrit näete, kui joondate inimese genoomi šimpansiga või kui keskendute inimvariandide täpsele alamhulgale. Kuid teistes liikides võib oodatav ts / tv olla väga erinev. Samuti on see arv korrelatsioonis GC sisuga. Kõrgema GC-ga piirkondades või kodeerivates piirkondades, kus kipub olema ka kõrgem GC, saate kõrgema ts / tv. Osaliselt on seetõttu raske öelda, mida ts / tv-st täpselt oodatakse.

aga saan 3,00, mida see tähendab? Mis siis, kui saan 1,00?

Kui saate 3,00, on teie kõnekomplekt väga kallutatud. Kui saate 1,00, on teie kõnekomplekti veaprotsent kõrge. Oletame, et täpne ts / tv on $ \ beta $ ja jälgite ts / tv $ \ beta '\ le \ beta $, saate välja arvata valede kõnede murdosa (eeldades, et juhuslike vigade korral on ts / tv = 0,5) $ $ \ frac {3 (\ beta- \ beta ')} {(1+ \ beta') (2 \ beta-1)} $$ See on muidugi ligikaudne, kuna $ \ beta $ pole esiteks täpne ja kuna vead pole sageli juhuslikud, pole nende ts / tv tegelikult 0,5.

Kuidas see suhe täpselt valepositiivseid viitab? Liiga kõrge ==> kõrge valepositiivne protsent? Või liiga madal?

Liiga madal ==> kõrge valepositiivne protsent; liiga kõrge ==> kallutatud. Praktikas näete harva "liiga kõrget" ts / tv.

Ma pole endale helistanud varianti, kuid viis sekundit guugeldamist juhatab mind sellele:

See mõõdik on ülemineku suhe (Ti) ja transversiooni (Tv) SNP-d. Kui siirde- ja transversioonmutatsioonide jaotus oleks juhuslik (st ilma igasuguse bioloogilise mõjuta), eeldaksime suhet 0,5. See on lihtsalt tingitud asjaolust, et transversioonimutatsioone on kaks korda rohkem kui üleminekuid. Kuid bioloogilises kontekstis on väga tavaline näha metüleeritud tsütosiini deamiinimist tümiiniks saamisel. Kuna tegemist on üleminekumutatsiooniga, on näidatud, et see suurendab eeldatavat juhuslikku suhet väärtuselt 0,5 kuni ~ 2,01. Lisaks on CpG saartel, mida tavaliselt leidub praimeripiirkondades, metüültsütosiinide kontsentratsioon suurem. Nende piirkondade lisamisega näitab kogu eksoomi sekveneerimine veelgi tugevamat kalduvust üleminekumutatsioonide suunas eeldatava suhtarvuga 3,0-3,3. Oluline kõrvalekalle eeldatavatest väärtustest võib viidata kallutatust põhjustavatele artefaktilistele variantidele. Kui teie TiTv suhe on liiga madal, on teie kõnekomplektil tõenäoliselt rohkem valepositiivseid.

Kuna metüleeritud tsütosiini deaminatsioon on üsna universaalne nähtus, siis kui näete suhet, mis sellest ootusest oluliselt erineb , olete kas avastanud uue põneva bioloogia või on probleeme torujuhtme helistamise variandiga.