Püüan kasutada t-SNE algoritmi mõnel mikrokiibi andmel. Täpsemalt on minu andmeraamil 18600 veergu geenidega (funktsioonid) ja 72 rida kordustega tingimustega (10xWt, 10xTg jne. Avaldise väärtused on skaalal log2.

Siin on kood, mida proovin käivitada.

  # t-SNE juurutuskogu (Rtsne) set.seed (1 ) jaoks (i in 1:15) {tsne = Rtsne (andmed.T [, - 18601], tuhm = 2, hämming = i, verbose = TRUE, max_iter = 1000, pca = T) värvid = vikerkaar (pikkus (kordumatu) (andmed.T $ klassid))) nimed (värvid) = unikaalne (andmed.T $ klassid) graafik (tsne $ Y, t = 'n', main = "tsne") tekst (tsne $ Y, siltid = andmed. T $ klassid, col = värvid [andmed.T $ klassid]) readline (prompt = "Jätkamiseks vajutage [sisestusklahvi])}  

Pange tähele, et ma ei arvesta veergu 18601, kuna selles veerus on iga tingimuse sildid / klassid.

Siinkohal arvan, et selle skripti käivitamisel tagastab R mulle selle tõrke:

Viga: kaitse (): kaitsepinu ületäitumine

Kas peaksin muutma --max-pp-size või on see viga Rtsne paketis?

Samuti mõtlesin, kas on mõttekam käivitada tSNE algoritm, kasutades mitte avaldise taseme log2 väärtusi kuid logivoldi muutused muudavad Wt (metsiktüüpi) seisundi väärtusi. Ma küsin, sest ma ei leidnud tSNE sellist muud rakendust mikrokiibi andmetel.

Funktsiooni Rtsne seadistamiseks lugesin seda artiklit

Kõik muud soovitused rakendamise kohta on teretulnud.