Küsimus:
Mis on ja kuidas tuvastada varjatud lugemist
gc5
2018-09-27 03:12:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

käesoleva artikli meetodites ütlevad autorid:

Analüüsi lihtsustamiseks eemaldasime kõigepealt kõik teegist eemaldatud lugemised (viimased 6 loetud alust ei vastanud oodatud järjestusele).

Olen lugenud seda postitust ja seda postitust ja arvan, et varjatud lugemine on üks (esimese paberi järgi), kus viimast 6 alust ei tuvastata hea kvaliteediga. Eelkõige arvan, et see võib olla näide varjatud lugemisest: 

  @ ... CACACACACACCAGTAAAAAANAGTTGCNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN + AAAAAEEAEEEE###### # E # #########################

kus loetu kvaliteet langeb keskele. Kas see on õige? Kui jah, kas need peaksid kõik olema halva kvaliteediga või vähemalt ühe? Ja kui ei, siis kuidas ma saan tuvastada varjatud lugemise?

üks vastus:
swbarnes2
2018-09-28 01:33:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Illumina andmete järkjärguline sisestamine tähendab, et saadud lugemine nihutatakse ühe alusega enne või pärast seda, milline jada tegelikult peaks olema. Nad peavad iga lugemise lõpus ootama mõnda konstantset 6 alust ja viskavad välja kõik lugemid, millel neid 6 alust pole. See hõlmaks ka N-sid, kuid väike kustutamine või sisestamine põhjustaks ka viimase 6 aluse mittevastavust. See on teoreetiliselt tuvastatav ja fikseeritav; Näiteks tab dropSeqi protokoll juhtumeid, kus valesti lühikesed lahtrivöötkoodid nihutavad UMI-sid, kuid need autorid näivad olevat otsustanud mitte proovida ja vaeva näha ning visata lihtsalt kõik, mis ei vastanud nende täpsetele ootustele.

Huvitav, aitäh. Kas tühistatud lugemist arvestatakse ainult pöördloendis (R2), kus triipkoodid ja UMI on järjestatud? Eeldan, et ettelugemise kaardistamise ajal suudab joondaja toime tulla tühistatud lugemisega - vöötkoodi väljavõtmisel võivad tühjad lugemised tekitada probleeme, kui ma teie vastusest õigesti aru sain.


ⓘ
See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 4.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...