Küsimus:
Kuidas valida skaalavaba topoloogiavõrgu võimsus
llrs
2017-05-22 20:02:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kaalutud geeniekspressioonivõrgu analüüsis (kasutades WGCNA) on müra filtreerimiseks soovitatav pehme läve võimsus. See seisneb korrelatsiooni tõstmises teatud arvuni. Selle jõu otsustamiseks hinnatakse mõnede jõudude jaoks skaalavaba topoloogiat. Funktsioon selle printimiseks:

  Toide SFT.R.sq kalle kärbitud.R.sq mean.k. mediaan.k. maks. 1 1 0,9300 3,110 0,996 2960,0 3060,0 39702 2 0,7510 1,010 0,964 1750,0 1780,0 29003 3 0,1730 0,258 0,806 1170,0 1150,0 22804 4 0,0942 -0,183 0,713 833,0 782,0 18705 5 0,3800 -0,463 0,777 623,0 553,0 660,06 0603 6 55,0 7 0,6270 -0,797 0,872 381,0 312,0 11908 8 0,6870 -0,910 0,900 307,0 241,0 10509 9 0,7270 -1 000 0,918 252,0 189,0 93610 10 0,7490 -1,080 0,928 210,0 150,0 84111 12 0,7850 -1,190 0,948 150,0 98,0 69312 14 0,80 -1,360 0,968 84,0 45,6 49714 18 0,8410 -1,410 0,973 65,2 32,1 42915 20 0,8490 -1,450 0,977 51,6 23,0 375  

Soovitus KKK s näitavad, et SFT.R.sq väärtus peaks olema mõistlike volituste korral suurem kui

0,8 (alla 15 allkirjastamata või allkirjastatud hübriidvõrkude korral ja vähem kui 30 allkirjastatud võrkude puhul)

ja keskmine ühenduvus alla sadade.

Teised on energiat kasutanud nagu müra filtreerimist, hoolimata skaalavaba topoloogiast palju sobib. Valiksin esimese jõu isegi siis, kui keskmine ühenduvus on tuhandetes, kuna skaalavaba topoloogia sobivus on üsna kõrge, kuid kalle teeb mind hämmeldavaks.

Kuidas peaks olema pehme läve võimsus valitud?

Näite põhjal küsimus

üks vastus:
gringer
2017-06-08 20:27:39 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ma oleksin mures sisendandmete pärast, mis neid numbreid genereerisid. Sellel andmekogul on tõeliselt veider kuju, mille alguses on langus:

  data.df <- read.table ("soft_threshold.txt", header = TRUE); png ("skaalavaba -194.png "); joonis (data.df $ SFT.R.sq); näiv <- dev.off ();  

scale-free power with an odd inflection

Ma näen, kuidas see välja näeb ( selles dokumendis oleva lisateabe põhjal):

normal scale-free topology

Võimsust / läve on lihtsam valida, kui graafik näeb välja nagu teine ​​olukord. Esitatud andmete põhjal ei tundu, et mõni väärtus oleks sobilik. aga kui mind oleks sunnitud valima, siis valiksin 12, sest see on esimene number, mis ületab maagilise läve (eirates alguses olevaid veidrusi). Tunnistan siiski, et ma ei saa aru võimu taga olevatest mõistetest ja järgin lihtsalt soovitatud juhiseid, nii et ei oska seletada, miks see on.

Jah, ma olen sellest eripärast teadlik, arvan, et see on tingitud veast WGCNA paketis, kui pickSoftThreshold ei kasuta avaldise andmeid. Ilmselt oleksin pidanud valima tüüpilisemad andmed. Kuid lihtsalt teatud künnisel lõikamine jätab keskmise ühenduvuse osa kaalumise välja. (Samuti näib see sama olevat, et võimsuse kalle = 1 on positiivne ja teised muutuvad negatiivseks)


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...