stack_learner
2018-05-07 20:49:42 UTC
Pärast joondusetappi kontrollisin kõigi proovide rnaseq-mõõdikuid. 40 proovi seas on kolmel proovil introonilistesse piirkondadesse kaardistatud lugemite suur protsent. Mis võib olla põhjus?
Proovid Exonic Intronic IntergenicSample1 545479 (12,8%) 2512309 (58,8%) 1217201 (28,5%) Proov2 372836 (8,3%) 2556934 (56,8%) 1573032 (34% ) Proov 3 529618 (7,3%) 3934615 (54,5%) 2750720 (38,1%) Ma näen ka seda, et loetakse 35–40 000 geeni 58 000 geeniga, millel on „null” lugemist. Kas see on tingitud saastumisest? Mis võib olla põhjus? Mida loeb kaardistamine eksoonse, introonilise, geenidevahelise geeniga?
Uuendus: ma kasutasin joondamiseks hisat2-d. Kasutasin hisat2 veebisaidilt inimese genoomi "grch38_snp_tran". Raamatukogud genereeriti ribosoomide ammendumise komplekti abil.
Kuidas võrreldi nende proovide üldist joondumismäära teistega, mille introonilise joondamise määr oli mõistlikum?
Ma näen, et kõigi 37 proovi joondusprotsent on vahemikus 90–96% ja nende kolme valimi puhul on see 69%, 79%, 70%.
Tundub, et teil on proovid halvenenud
Tähendab, need 3 proovi on lagunenud? Mida ma peaksin nüüd tegema? Kas peaksin need edasiseks analüüsiks eemaldama?
See on tõenäoline põhjus, kuid hoolimata sellest peaksite need välistama.
Muidugi. introonse piirkonnaga kaardistamise suur protsent on tingitud degradeerumisest?
Kas saaksite küsimusele lisada nende failide ja muu sama jooksu kvaliteedimõõdikud?
On tõenäoline, et nendel proovidel oli madala kvaliteediga RNA või genoomse DNA saastatus (sõltuvalt proovi tüübist ja RNA eraldamismeetodist)
Mis tarkvarast sa selle väljundi said?