Küsimus:
kuidas seadistada muu andmebaas peale nr kauglõhkamiseks + otsimiseks
bluescholar1212
2017-06-24 02:12:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Proovin BLAST + -i abil kaugotsingut käitada.

Saan otsingute õigeks toimimiseks käsureal järgmiste käskudega:

  blastp - päringu proteiinid.fasta -remote -db nr -out proteiinid_nr.txt -outfmt 6 -väärtus 1e-30  

Sooviksin siiski meile kaugandmebaasi pealkirjaga "Mikroobivalgud nr-st" mida kasutataksegi mikroobide plahvatuse otsimisel, mis pääseb NCBI saidilt BLAST-i.

Püüan leida õiget koodi, et pääseda sellele andmebaasile lihtsalt "nr" asemel.

Kas on olemas nimekiri erinevate andmebaaside koodidega?

Täname ette

üks vastus:
flatley176
2017-06-24 04:18:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Usun, et otsite valikut env_nr ? See on sellisena loetletud blastpi veebilehe jaotises Metagenoomsed valgud . Näib, et sulgudes olev sõna tuleks esitada parameetri -db kõrval. Kiire test mannekeeniga aminohapete fasta-failiga annab tulemuseks NCBI valgu kehtiva ühinemise.

partial screenshot from NCBI's blastp webpage

Muuda: ma järgisin sellest natuke rohkem ringi kaevates ja tundub, et otsitavat andmebaasi nimetatakse Microbial_proteins . Lõpuks ostsin Google'is tsiteerida mikroobivalke nr -st ja ilmub täpselt 2 tabamust. Esimene tabamus on minu arvates see, millest OP postitas selle vastuse kommentaaris ekraanipildi. Teine on andmebaaside loetelu koos Hispaanias asuva bioinformaatika ettevõtte märksõnadega: http://data.biobam.com/ncbi_blast_dbs_protein.pdf. Proovisin näite uuesti andmebaasiga Microbial_proteins ja näib, et see töötab. Jällegi ei ole ma kindel, miks ma seda NCBI ressursist lihtsalt ei leia. Samuti on mul uudishimu, kui erinev see andmebaas on env_nr .

@flatley176 aitäh vastuse eest. See vastab sellele, mida saan -db abil täpsustada. Kahjuks ei taha ma env_nr vastu plahvatada. Tahaksin plahvatada veebisaidi andmebaasi vastu, kasutades blast +, ja määrake see andmebaas:! [Valid XHTML] (http://imgur.com/ghv7zbf)
Ma ei tea, kuidas erineb `nr mikroobsed valgud` andmebaasist` env_nr`. BLAST-i käsiraamatu (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf) lehel 3 on loetletud saadaolevad andmebaasid - ainus viide sõnale "mikroobne" viitab 16-ndate rRNA-le. Sellest hoolimata kaevasin veel natuke ringi ja näib, et see on lahendus - andmebaasi nimi on "Microbial_proteins". Värskendab minu vastust.


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...