ShanZhengYang
2018-01-28 04:01:25 UTC
Tavaliselt kasutaksin vcf2maf skripte VCF-i teisendamiseks MAF-iks (või vastupidi).
See on suurepärane tarkvara, kuid minu süsteemis kasutavad perl-skriptid sõltuvustega on lihtne murda. (Siin kasutatakse VEP-i.)
Kas sellele on muid alternatiive?
Mida sa selle all mõtled: "minu süsteemis on sõltuvustega perl-skripte lihtne murda"?
@KonradRudolph Minu kogemuste kohaselt on perl + bioinformaatika sõltuvused õudusunenägu. Meie süsteemiadministraator hoiab selle lahendamiseks +12 perli versiooni. (Ma ei taha hakata võitlema ühegi perverdiga, kuid see on vastupidiselt R / Pythonile väsitav.)
Huvitav, ma pole kindel, et saan aru, miks. Igal juhul on R-l kindlasti sama või hullem probleem: see ei saa põhimõtteliselt hakkama mitme paketiversiooniga (erinevalt Pythonist).
@KonradRudolph Nõustun selle hinnanguga. Olete teretulnud seda arutama minu meeskonnaga.