Mul on:

• loend diferentsiaalselt fosforüülitud saitidest, mis on välja lülitatud. Mõned geenid sisaldavad kuni 70 võimalikku fosforüülimiskohta; teised sisaldavad ainult ühte.
• Nimekiri konkreetsesse geenikomplekti kuuluvate geenide hulgast.

Kuidas testida diferentsiaalselt fosforüülitud valke selle rikastamiseks annotatsioon?

Mõned mõtted, mida olen kaalunud:

1. ignoreerige geenis tuvastatud fosforüülimissündmuste arvu ja loendage geen lihtsalt diferentsiaalselt fosforüülituks, kui see on see sisaldab vähemalt ühte saiti, mis on erinevalt fosforüülitud. Võrrelge selle valitud komplekti rikastusskoori rikastatud skooriga nende geenide puhul, mis sisaldavad vähemalt ühte saiti, mis ei ole diferentsiaalselt fosforüülitud. Siin on probleemiks see, et suure hulga fosforüülimissaitidega geenidel ei ole rikastamise skooris peaaegu mingit mõju, kuna on peaaegu kindel, et neil on vähemalt üks sait, mis on erinevalt fosforüülitud, ja vähemalt üks, mis seda pole.
2. Märkige iga fosforüülimiskoha kandidaat valgu põhjal, milles see leidub, kas “komplektis” või “pole komplektis”. Seejärel tehke rikastamisanalüüs, kasutades märkustega fosforüülimissaitide komplekti, selle asemel, et kasutada geenitasandil tehtud traditsioonilist rikastusanalüüsi. Selle lähenemisviisi potentsiaalne probleem on see, et see võib liiga palju mõjutada paljude potentsiaalsete fosforüülimiskohtadega geene.
3. Liidake kõik geeni kandidaatide fosforüülimissaidid ja kasutage mõnda arvulist künnist, et teha kindlaks, kas geen on erinevalt fosforüülitud või mitte. (Seda saab teha mitmel viisil.) Seejärel tehke rikastamisanalüüs, kasutades saadud diferentsiaalselt fosforüülitud geenide komplekti. Võimalik probleem on siin see, et mõned fosforüülimissaidid võivad olla funktsionaalselt olulisemad kui teised, mistõttu pole selge, kuidas kaaluda üksikute fosforüülimissaitide suhtelist tähtsust geenis.

Mõistan siin pole eesmärk matemaatiliselt täpselt määratletud; Mind huvitab peamiselt see, milline lähenemine on bioloogilist konteksti arvestades kõige mõistlikum. Ülaltoodud lähenemisviisidest kaldun praegu lähenemisviisi 2 poole, kuna selle rakendamine on lihtne ja see vähemalt proovib arvestada geeni fosforüülimissündmuste muutuva arvuga.

MÄRKUS. Mul on ka kõigi nende kohtade jaoks normaliseeritud fosfoproteiinide ja valkude arv, mis on saadud massispektri järgi. Nii et kui lahendus nõuab diferentsiaalse fosforüülimise arvutamiseks alternatiivset meetodit, on see kõik korras.