Küsimus:
STARi pikkused parameetrid RNA ONT joondamiseks loevad genoomiks
aechchiki
2017-08-31 03:25:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kas on mingeid soovitatud parameetreid ONT-lugemite joondamiseks võrdlusgenoomiga, kasutades STAR-long? Praegu kasutasin siin soovitatud parameetreid, kuid märkasin imelikku käitumist.

Mul on RNA loetud ( D. melanogaster ) voogudest R7 ja R9 eraldi. Valisin analüüsimiseks ainult 2D loeb kategoorias pass .

Mul on vastavalt 113249 loetud R7 ja 40318 loeb R9 . Joondasin need lugemised ja sain (ainult!) 150 unikaalselt kaardistatud lugemit R7 andmete jaoks ja 8017 unikaalselt kaardistatud lugemit R9 andmete jaoks. Proovisin sama käskluse uuesti käivitada teises serveris värske kompileerimisega, kuid väljundfail on kooskõlas nende 150 lugemisega.

et joondusjooksul läks midagi valesti. loeb, kuid mitte nii headel kohtadel.
Minu vastus oleks vist kommentaariks sobivam - aga ma ei saa. Ma pole kindel, kas sellel SE seadistusel on mõtet, aga mis iganes. See ei pruugi ilmnenud käitumise jaoks lahendus olla, kuid soovitaksin proovida https://github.com/lh3/minimap2 cDNA-seq joondamiseks.
Minu käest ei tööta STAR-long mürarikka lugemisega hästi. See toimis iso-seq-i jaoks enamasti seetõttu, et iso-seq-i lugemiste veamäär on palju madalam.
üks vastus:
gringer
2018-01-17 11:00:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mul on olnud häid tulemusi minimap2 kasutamisel, eriti kui see on koos vigade parandamiseks mõeldud Canu eeltöötlusega (lugemiseks lugemiseks kaardistamiseks kasutati minimap2 ) ):

> 4T1_BC06 -d 4T1_BC06 \ -nanopore-raw tööruum / pass / ribakood06 / fastq_runid _ *. Fastq # joondus loeb ~ / install / minimap2 / minimap2 -p 10 \ -a ~ / db / fasta / mmus / ucsc / mmus_ucsc_all_cdna.idx \ - x splice < (pv all / 4T1_BC06 / 4T1_BC06.correctedReads.fasta.gz) | \ samtools sort > 4T1_BC06_all_vs_mmusAll.bam

Värskendus: uusim nanopoorne basecaller koos kõige uuema minimap2-ga näib nüüd kaardistamisega korralikku tööd ja lugemiste eelparandust ei kauem vajalik. Hiljuti olen transkriptoomi kaardistamiseks kasutanud LAST ja genoomi kaardistamiseks minip2. Minimap2-l on võimalus kasutada homopolümeeriga kokkusurutud genoomi indeksit, mis tähendab, et nanopooride lugemiste kõige levinum järjepidev viga (s.t homopolümeeri pikkuse vale hindamine) ei mõjuta kaardistamiskiirust.

Jah, ma ka lõpuks kasutasin minimap2, aitäh. Selle küsimuse ajal proovisin lihtsalt kontrollida, kas ma teen STAR-i parameetritega mingit jama või tuleneb selle käitumine lihtsalt algoritmist. Kas te ei karda lugemite parandamiseks oma lugude indelkoostist muuta, kui kasutate Canu?
Ei ... miks see probleem oleks? Canu parandab vigu kattuvate lugemiste konsensuse põhjal; Ma ei saa aru, miks / kuidas see parandus tekitaks rohkem probleeme kui see lahendab.


ⓘ
See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...