Küsimus:
Lugege ja kirjutage FASTA-faile rohkem kui ID ja järjestusega
Leonidas Souliotis
2017-09-01 14:52:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Püüan lugeda fasta-faili, manipuleerimine on Pythonis (kasutades BioPythoni) ja siis kirjutan selle tagasi.

Minu järjestuste formaat on selline: 

  >k119_5 lipu = 0 multi = 141,0706 len = 473AGGTTAGTCAGCACCGTTTCCGTGGTGCTGCCTTTCGCTTCAAAACCGACGGCGTCTATTACTGCATCCACGCCCCGGTGACCTGCCGTTTGTTCAATAATTGACTGTGCCGGATCGCTGTCTTCATCAAAATTAATCGGGATCGCGCCGTAGCGGTCGGCGGCGAAATGCAAGCGGTAGGGATGATGATCAACAACAAAAATCTGTTCCGCACCGAGCAACCGTGCACAGGCGATTGTCAACAATCCCACAGGACCAGCACCATAGACTGCAACGCTTGAACCTTGTTGGATCTGCGCATTTTTTGCTGCCTGCCATGCCGTTGGCAGAATATCAGAAAGGAAAAGCGCTTTATCATCTGAAAGCAAAGGCGGTACTTTAAACGGCCCCACATTCCCTTTAGGGACGCGGACATATTCCGCCTGCCCACCAGGAACGCCGCCATACAGGTGACTATAACCAAACAATGCCGC

mis on tingitud assmebly lehe megahit. Lugemise ajal tunneb see ID-na ära ainult k119_5 , samas kui ma tahan jada ID-ks tervet esimest rida. Kas on oluline teave, mida ma tahan hoida!

Kas teil on ideid, kuidas sellega töötada?

üks vastus:
mgalardini
2017-09-01 14:55:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Objekti SeqRecord väljal description on teave, mida otsite: 

  >> Bio-impordist SeqIO>> s = SeqIO .read ('genome.fasta', 'fasta') # ühe järjestusega fasta file>> s.idk119_5>> s.descriptionk119_5 flag = 0 multi = 141.0706 len = 473

Redigeeri: kõrvalena, kui kirjutate objekti SeqRecord SeqIO write meetodi abil, peaks FASTA päis sisaldama kogu algset päist.



ⓘ
See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...