Küsimus:
Kuidas käivitada HYPHY mitmel failil interaktiivselt?
Iakov Davydov
2017-05-17 14:15:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Tahaksin testida positiivset selektsiooni paljudes geenikomplektides.

Soovin saada jah / ei vastuse küsimusele, kas geen arenes positiivse valiku all. Seetõttu valisin oma analüüsiks mudeli BUSTED, mida rakendatakse jaotises HYPHY.

Kui käivitan käsureal HYPHY, saan sarja küsimusele, millele pean vastama interaktiivses vormis.

Kas on võimalik teha mitut andmekogumit, st palju järjestuse joondamist hõlmavat pakettanalüüsi?

Mis on BUSTED ja HYPHY? Mida olete proovinud seda teha. Kas juhend aitab teid?
-1
See pole veel ** ametlik küsimused ja vastused, kui sait ei tööta, see suletakse ja kustutatakse. Konteksti lisamine küsimusele ([redigeerimine]) muudaks küsimuse tulevaste lugejate jaoks paremaks, kui sait lõpuks lõunaks
@Llopis Parandasin küsimuse. Kas teie arvates on nüüd parem?
See on parem, kuid millise küsimuste ja vastuste seeria kuninga sa saad? Millist programmi versiooni kasutate? Millise operatsioonisüsteemi all (kui see on oluline)? (Ma pole ikka veel veendunud, et see on teemal ... aga vaatame)
üks vastus:
Iakov Davydov
2017-05-17 14:15:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

/TL;DR

HYPHY sisendfaili loomiseks tegin järgmise bashi skripti. 

  #! / bin / bashcat << EOFinputRedirect = {}; inputRedirect ["01"] = "Universaalne"; // geneetiline codeinputRedirect ["02"] = "$ (loe link -f $ 1)"; // koodoni datainputRedirect ["03"] = "$ (loe link -f $ 2)"; // treeinputRedirect ["04"] = "$ {3: -All}"; // Valiku testimine branchinputRedirect ["05"] = ""; // täielik selectionExecuteAFile (HYPHY_LIB_DIRECTORY + "TemplateBatchFiles / BUSTED.bf", inputRedirect); EOF

Kui soovite testida kõiki harusid, käivitage need: 

  ./gen_busted.sh alignment.phy tree.nwk > script.bf

Või konkreetse haru puhul: 

  ./gen_busted.sh alignment.phy tree.nwk branchLabel > script.bf

Ja seejärel käivitage: 

  HYPHYMP script.bf

Nüüd te saab skripti abil genereerida faili .bf iga olemasoleva järjestuse joonduse jaoks ja käivitada iga faili jaoks HYPHY.

Pikem versioon

Kirjeldan, kuidas teha sarnast skripti mis tahes mudeli jaoks, näiteks MEME, RELAX või PARRIS.

Kõigepealt leidke analüüs .bf , mis analüüsi teeb . GNU / Linuxis peaks see olema aadressil HYPHY_INSTALLATION_PATH / lib / hyphy / TemplateBatchFiles (see võib erinevate operatsioonisüsteemide vahel olla erinev). BUSTED korral on teie skriptil nimi BUSTED.bf.

Käivitage see mudel nüüd interaktiivses režiimis, et salvestada kõik mudeli jaoks vajalikud sisendid. Määrake kõigile failidele kindlasti täielik tee . 

  HYPHYMP HYPHY_INSTALLATION_PATH / lib / hyphy / TemplateBatchFiles / BUSTED.bf

BUSTED korral on sisendid järgmised:

  1. Geneetiline kood.
  2. Koodoni andmed (järjestuse joondamine filip-vormingus).
  3. Puu ​​(newickis formaat).
  4. milliseid harusid testida.

Nüüd peate iga sisendjoonduse jaoks looma järgmise failipaketi: 

  inputRedirect = {}; inputRedirect ["01"] = "Universaalne"; // geneetiline codeinputRedirect ["02"] = "/ path / to / alignment.phy"; // koodoni datainputRedirect ["03"] = "/ path / to / tree.nwk"; // treeinputRedirect ["04"] = "Kõik"; // Test valimiseks kõigil harudelinputRedirect ["05"] = "HARU1"; // Testi valimiseks haru1 inputRedirect ["06"] = "HARU2"; // Test valimiseks haru2 inputRedirect ["07"] = ""; // täielik selectionExecuteAFile (HYPHY_LIB_DIRECTORY + "TemplateBatchFiles / BUSTED.bf", inputRedirect);

Nüüd saate luua skripti, mis genereerib faili. Kõige tähtsam on see, et ärge unustage failis .bf täielikke teid kasutada.

Ma ei ole moderaator, kuid me peaksime esitama ekspertküsimusi, mis määratleks saidi teema selle saidi selles etapis. Kui hakkame igas programmis küsima, kuidas X-i teha. Me jõuame lõpuks ilma ekspertide küsimusteta.
@Llopis jagasin sarnast (kuid vähem üksikasjalikku) teavet oma kolleegi kolleegidega minu osakonnast, kellest mõned olid postdokumendid. Seda konkreetset küsimust tõstatatakse ikka ja jälle, sest hoolimata sellest, et tarkvara kasutatakse palju ( peaaegu 2 tuhat viidet), dokumentatsioon on väga esialgne ja hajutatud.
Selle dokumenteerimiseks, et võite kasutada oma privaatset saiti või ajaveebi, mitte tingimata seda saiti. Või võite selle probleemi lahendamiseks isegi tarkvara pakkujatega ühendust võtta, kui nad tahavad, et inimesed nende tarkvara kasutaksid.
Tõenäoliselt on see veel arutluse all, kuid mis on valesti vastates _korduma kippuvale_küsimusele: "Kuidas panna tööriist X ülesannet Y tegema?" Bioinformaatika valdkond on tõenäoliselt täis halvasti dokumenteeritud tööriistu, mille autorid rahastamise puudumise tõttu hülgasid. Kindlasti on virnade ülevool selliseid küsimusi täis: https://stackoverflow.com/search?q=how+to
@holmrenser pole midagi valesti, kuid privaatne beetaversioon sunnib meid ekspertidele suurepäraseid küsimusi kirjutama: "Privaatne beetaversioon annab teile võimaluse asjatundjate küsimuste ja vastustega saidil suurepäraselt alustada." Ma ütlen, et vastused ei tundu mulle asjatundjate küsimusena. Aga ma võin täiesti eksida: D


ⓘ
See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...