Küsimus:
Kuidas toime tulla heterosügootsusega genoomi kokkupaneku poleerimise ajal pikkade lugemiste põhjal?
Kamil S Jaron
2017-05-21 16:49:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kõik kaua loetud sekveneerimisplatvormid põhinevad ühemolekulilisel järjestusel, mis põhjustab suuremaid baasipõhiseid veamäärasid. Sel põhjusel lisati genoomi kokkupaneku torujuhtmetele lihvimisetapp - toores kaardistamine loeb tagasi kokkupaneku ja komplekti detailide parandamise.

Mul on korralikud PacBio RSII andmekogumid üksiku individuaalse genoomi kohta, millel on väga heterosügootsed mittemudeliliigid . Kokkupanek õnnestus hästi, kuid kui proovisin komplekti lihvida värinaga, ei saanud see paari korduse ajal läheneda ja vean kihla, et see on haplotüüpide liiga suure erinevuse tõttu. Kas on mingeid muid viise selliste omadustega genoomi lihvimiseks? Näiteks, kas on võimalik eraldada pikki lugemisi haplotüübi järgi, nii et saaksin poleerida ainult ühte haplotüüpi kasutades?

Kaks vastused:
roblanf
2017-05-22 08:36:12 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mõned võimalused:

Falcon

Proovige falcon ja falcon-unzip. Need on loodud täpselt teie probleemi ja teie andmete jaoks: https://github.com/PacificBiosciences/FALCON

Pole Falcon

Kui arvate, et olete haplotüübid kokku pannud (mida piisava katvuse korral võib eeldada), peaksite saama neid kahte haplotüüpi näha, tehes lihtsalt oma kontigade paarikaupa joondused. Haplotüübid peaksid ilmnema jätkupaaridena, mis on PALJU sarnasemad (isegi kui haplotüübi vahel on palju erinevusi) kui teised paarid. Kui kõik sellised paarid on olemas, saate lihvimiseks valida lihtsalt ühe paari.

Mul on tõepoolest mõlemad haplotüüpsed järjestused. Sain need tööriista nimega [haplomerger2] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22555592). Kuid see tööriist tekitab kimäärse haploidse koosluse, seetõttu pole need tegelikult õigesti faasitud haplotüübid. Falcon-unzip on tõepoolest tarkvara, mis võiks töötada. Sel ajal oli proovimiseks liiga noor, kuid ma sain proovida nüüd sellele veel ühe ampsu anda.
gringer
2017-05-22 13:12:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Võite minna ka aadressile Canu. See on mõeldud pikka aega loetud montaažiks (nii PacBio kui ka Nanopore), kuigi mitte spetsiaalselt kompleksseks populatsiooni järjestamiseks. See üritab genoomi oma ainulaadseteks komponentideks ja loob nendest komponentidest tee, mida lugemine hästi toetab.

Mis puutub poleerimisse, siis tundub, et poleerimine pole lähenevad ja on palju variante, mis lihtsalt võnkuvad kahe võimaluse vahel. Minu ja veel vähemalt ühe inimese sel aastal London Callingus ei saavutanud kolmanda iteratsiooni ületamise täpsus põhimõtteliselt mingit täpsust. Kasutasin enda vigade parandamise algoritmi, kuid nemad kasutasid Piloniga "tavalisemat" poleerimist. Selle väärtuse saavutamiseks kasutas nanopooride WGS-i konsortsium Raconit oma Canu sõlmede poleerimiseks.

Ma olen genoomi kokku pannud Canu abil, sain ~ 2x genoomi haploidse suuruse, mille ma lagunesin haplotüüpideks, kasutades [HaploMerger2] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22555592). tea, et kogu maailmas on montaaž hea. See tuleb lihtsalt poleerida.
Oh jah. Vabandust, vaatasin esimest vastust ja oletasin, et see käib lihtsalt kokkupaneku kohta. Mõistan nüüd, et küsimus puudutas kokkupanekut pigem * poleerimise * kui montaaži üle.
@gringer proovisin ka lihvida väga heterosügootse genoomi kooslust (genereeritud canu poolt), kasutades Raconit (Quiver kollapsiks haplotüübid), kuid ei suutnud rahuldavat väljundit saada (põhimõtteliselt pole statistika muutunud). Mingit nõu?
Minu üldine soovitus oleks praegu kasutada metanüülimisrežiimis nanopoleerimist korrigeerimiseks, seejärel loeb Pilon koos Illumina abil homopolümeerifragmentide * ainult * parandamiseks (s.t. SNP-paranduse puudumine ja pikamaa tellingute puudumine). Selle põhjal: https: //github.com/rrwick/Basecalling-comparison#methylation


ⓘ
See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...