Kasutan metaboliitide päringu kirjutamiseks jaotises BioCyc rakendust PythonCyc API. Selle API eesmärk on suhelda BioCyc-Pathway Tools andmebaasitarkvaraga. Pathway Tools on lisp-s, seega loob PythonCyc silla pythoni ja tavalise lispi vahel. Selle API kasutamiseks tuleb kõigepealt luua PGDB objekt, millel on määratud organismi ID (orgid). Allpool toodud näites loo PGDB orgidiga "meta". Pärast seda saan PythonCycist meetodeid selle objektiga kutsuda:
import sysimport pythoncyc # see loob PGDB objekti, mis on seotud metaga (MetaCyc) meta = pythoncyc.select_organism ('meta') # loetleb kindlaksmääratud ühenditeede = meta.pathways_of_compound ('sahharoos') trükiteed Ülaltoodud metaboliidi päring 'sahharoos' annab loendi teekondadest:
[u '| PWY-7347 |', u '| SUCSYN-PWY |', u '| PWY-7238 |', u '| PWY-6527 |', u '| PWY-5343 |', u '| PWY-3801 |', u '| PWY-7345 |', u '| PWY-862 |', u '| SUCUTIL-PWY |', u '| PWY66-373 |', u '| PWY- 621 | ', u' | PWY-822 | ', u' | SUCROSEUTIL2-PWY | ', u' | PWY-6525 | ', u' | PWY-6524 | ', u' | PWY-5337 | ', u '| PWY-5384 |']
Kui ma aga vahetan selle metaboliidi nime tavaliseks aminohappe nimeks, näiteks 'valiin':
import sysimport pythoncyc # see loob PGDB objekti, mis on seotud metaga (MetaCyc) nt teekonnad Päring esitab tõrketeate, mis ütleb "sundimatu raam", mis tähendab, et see ei leia seda ID-d. See on tavaline metaboliit, nagu sahharoos, mille andmebaasis peaks olema väga hea rada, kuid selle meetodi abil pole ühtegi leitud. Olen proovinud ka valiini sünonüüme ja muid meetodeid, näiteks API-s toodud "all_pathways (cpds)", mis annavad mulle sama veateate. Mis on selle põhjuseks? Kas BioCyc ei loetle ühtegi aminohapete rada? Või kas ma kasutan aminohapete teabele juurdepääsemiseks valet meetodit?