Mul on küsimus CAFA1 ja CAFA2 katse kohta.
CAFA on katse, mis võrdleb valgu funktsioone ennustavaid arvutusmeetodeid. Dokumendis, milles käsitletakse CAFA2, on pilt, milles võrreldakse kahte meetodit (CAFA1 versus CAFA2):
Kuidas tõlgendada numbreid ja värve (tumedad ja heledad)? Mida need tähendavad?
Pange tähele , et avaldatud artiklis on see näitaja eeltrükist erinev!
Vaadake joonist:
Kuna need ei ole kuval oluliselt erinevad, välja arvatud need kaks prognooside komplekti, mis on CAFA1 ja CAFA2 vahel võrreldavad, selgitan neid allpool:
Värvid on $ F_ veerised { max} $ viitavad võrrandile, mis on toodud jaotises "CAFA1 ja CAFA2 meetodite võrdlus" meetodite all:
$$ \ delta (m_2, m_1) = \ frac {1} {B} \ sum_ {b = 1} ^ {B} F_ {max} ^ {b} (m_2) - \ frac {1} {B} \ summa_ {b = 1} ^ {B} F_ {max} ^ {b} (m_1 ) $$
Kus B on 10000 alglaadimist, mida nad tegid, ja $ m_1 $ ja $ m_2 $ on meetodid CAFA1 ja CAFA2.
Kus $ F_ {max} $ on artiklis (ja eelprindis) seletatud järgmiselt:
Täiuslikku ennustajat iseloomustatakse väärtusega $ F_ {max} = 1 $
Seega, mida suurem on (positiivne) erinevus, seda parem on nende meetodite täpsus ja tagasikutsumine ( vaadake vikipeediat). Pange tähele, et skaala on vahemikus -0,1 kuni 0,1, mitte vahemikus -1 kuni 1, nii et erinevused on üsna väikesed (võib väita, et log10 oleks parem näha neid väikeseid erinevusi)
Võib mõista, et parempoolsed tulpdiagrammid, kus B-jaotises on iga andmekogumi erinevused väikesed, seega on värv valge ja C-paneelidel on need erksamad.
Lahtrites olevad numbrid on protsent, mille järgi CAFA2 meetod toimis paremini kui meetod CAFA1 teises andmekogumis "kahe GO hetktõmmise ristumiskohas", nagu on märgitud meetodite jaotises. (Aga see pole ka minu jaoks selge)