Seurat Ühendatud objektid tSNE - Kuidas maalida algsetele isikutunnistustele?

David Tatarakis

2018-10-02 20:34:44 UTC

view on stackexchange narkive permalink

Töötan üherakuliste RNA-seq andmetega, kasutades R-paketti "Seurat" klastrite ja visuaalsete andmepunktide jaoks.

Mul oli kaks ühe lahtriga andmehulka, millest lõin kaks Seurati objekti . Seejärel ühendasin need kaks MergeSeurati abil. Ma tegin diferentsiaalse geeniekspressiooni analüüsi, sooritasin klastreid ja käitasin tSNE graafiku.

Nüüd tahan luua sama tSNE graafiku, kuid värvida iga lahtrit vastavalt algsele objektile, kust see pärineb. Kuidas seda teha?

Abi küsimisel peaksite lisama lihtsa [reprodutseeritava näite] (https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example) koos näidisesisendi ja soovitud väljundiga saab kasutada võimalike lahenduste testimiseks ja kontrollimiseks

@MrFlick Kas te pole nõus, et see on domeeniekspertidele (mis teie profiili järgi olete) üsna selge küsimus? Olen märkinud, et see viiakse bioinformaatikasse. SE.

@KonradRudolph Veelgi selgem oleks näite abil, et kopeerin testimiseks copy / paste. Tihti aitan inimesi pakettidega, mida ma pole kunagi varem kasutanud, sest nende hulgas on näide, millega saan selle mängimiseks mängida. Ja mulle ei meeldi küsimustele vastata ainult sellepärast, et OP ütleb "see ei tööta minu andmetega"; mida juhtub palju. Nii et kui on toodud korduv näide, on lihtsalt lihtsam kedagi aidata ja kontrollida, kas lahendus töötab. Minu arvates pole küsimust, millele reprodutseeritav näide ei oleks kasulik.

path1 <- file.path ("tee 10x proovi 1 juurde") tee2 <- file.path ("tee 10x näidise 2 juurde") S1 <- Read10X (data.dir = path1) S2 <- Read10X (data.dir = path2) S1 <- CreateSeuratObject (raw.data = S1, min.cells = 3 , project = "S1") S2 <- CreateSeuratObject (toored.andmed = S2, min.rakud = 3, projekt = "S2") s.com-i ühendatud <- MergeSeurat (objekt1 = S1, objekt2 = S2, lis.cell.id1 = "S1", add.cell.id2 = "S2", project = "2samples")

Joonestage andmed