vcf-merge (või parem: bcftools merge ) ühendab VCF-failid veerupõhiselt, võttes põhimõtteliselt igale variandile täiendava genotüübiveeru. Kuigi selline toimib, ei võta see arvesse kogu teavet variatsioonide kohta. Ühes VCF-failis võib piirkonnas olla madal katvus, mis viitab kustutamisele, kuid kustutamine on täheldatav ainult siis, kui arvestada teiste samas piirkonnas kõrge katvusega proovidega. Samuti on võimalik, et INDEL-sid saab erinevates proovides erinevalt määratleda, nõudes vasakpoolsele normaliseerimisele enne liitmist täiendavat bcftools norm -etappi.

Selle veerupõhise ühendamise eeldamine on mida soovite (ja kui ei, siis on bcftools concat teie sõber reapõhise ühendamise jaoks), siis on parem uuendatud ühendatud VCF-fail otse mitme veeru failina taastada. Üks viis selleks on kõigi BAM-failide söötmine samtools mpileup -i genotüübi tõenäosuste genereerimiseks, seejärel selle tulemuse sisestamine bcftools call -i. Midagi järgmist:

  samtools mpileup -uf ref.fa in1.bam in2.bam in3.bam | \ bcftools call -mv -O z -o variant_ref_1-3.vcf.gz